Située dans la partie aval du bassin versant, la basse vallée du Lay correspond à la zone de transition entre la plaine du bassin versant et la zone de marais. Caractérisée par une topographie relativement plane, puisqu’elle emprunte le territoire de l’ancien golfe des Pictons. Ce dernier résulte du comblement par des alluvions d’origine fluviomarines. La baie de l’Aiguillon est encore le témoin de ce processus.
La basse vallée du Lay est la partie la plus occidentale du marais poitevin, elle représente un territoire de marais de plus de 26 000 hectares. On y trouve une activité variée, principalement agricole (élevage et céréales), mais aussi touristique sur la côte atlantique avec des stations balnéaires très attractives.
Le site du marais Poitevin est en partie classé Natura 2000, au titre des directives oiseaux et habitats. Il s’étend sur 68 000 hectares de marais, sur les 100 000 hectares que compte l’ensemble du territoire. En effet, le marais Poitevin héberge bon nombre d’habitats et d’espèces d’intérêt communautaire, notamment les habitats prairiaux et littoraux, favorables à l’accueil des oiseaux en période d’hivernage, de migration et pour leur reproduction. Le maintien des espèces et les habitats inféodés aux milieux humides sont également liés à un fragile équilibre dépendant de la gestion des niveaux d’eau.
Le document d’objectif approuvé en 2003 a fait l’objet d’une évaluation en 2014. Les préconisations et perspectives mises en avant vont être intégrées au processus de révision qui va s'engager en 2017 sous l'égide de l'Etablissement Public du Marais Poitevin.
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