Le SAGE est élaboré puis mis en œuvre par une Commission Locale de l'Eau (CLE) : il s'agit d'une assemblée regroupant les acteurs locaux de l'eau selon trois collèges : élus, usagers, représentants de l'Etat. Les membres de la CLE sont nommés par arrêté préfectoral et pour 6 ans. La CLE du SAGE du Lay a été recomposée en 2023. C’est la CLE qui se réunit pour écrire le SAGE et pour fixer son ambition sur le bassin versant par des objectifs à atteindre pour l’eau, les milieux aquatiques et les zones humides.
Le Président est désigné par le collège des élus dont il est obligatoirement issu. La CLE se réunit environ 2 à 3 fois par an. Elle s’appuie sur un Bureau plus restreint et selon les besoins, sur des commissions thématiques.
Le fonctionnement de la CLE est assuré par le Syndicat Mixte Bassin du LAY, structure porteuse de la cellule d’animation et des études nécessaires à l’élaboration ou la mise en œuvre du SAGE.
Depuis le 4 mars 2011, date de la publication de l'arrêté préfectoral d'approbation, le SAGE du LAY est opposable. Il s’impose donc dans les décisions liées à l’eau sur le bassin versant et la CLE est chargée de sa mise en œuvre.
