Par arrêté préfectoral du 19 février 2018, le Syndicat mixte marais Poitevin bassin du LAY s'est doté de la compétence Gestion des Milieux Aquatiques et Préventions des Inondations (GEMAPI). Il devient donc compétent en matière de gestion, protection des milieux aquatiques et des zones humides et en matière de protection contre les inondations sur le territoire des intercommunalités membres.
Le 5 septembre 2018, Monsieur BORY, Président du Syndicat mixte, a signé un second Contrat Territorial Milieux Aquatiques en présence de Monsieur GAUDUCHEAU, vice Président du Conseil Départemental de Vendée, de Madame DORET de l'Agence de l'eau Loire Bretagne et de Monsieur GANDRIEAU, Président de la CLE du LAY, membre du Comité de Bassin. Coordonné par le Syndicat mixte, ce contrat 2018 - 2022 s'élève à 4.6 M€ HT et planifie des actions en faveur des cours d'eau et du marais en basse vallée du LAY.
Depuis juin 2017, les travaux du barrage du Braud ont débuté. Portée par le Syndicat mixte marais Poitevin, bassin du LAY, la restauration complète de l'ouvrage est prévue sur 13 mois. Elle s'inscrit dans le Programme d'Actions et de Prévention contre les Inondations du LAY aval (PAPI) labellisé en 2014 et vise à protéger l'estuaire du risque de submersions.
Le Syndicat mixte marais Poitevin bassin du LAY est la structure porteuse du SAGE du LAY et le maître d’ouvrage d’études et de travaux sur les milieux aquatiques et le marais de son territoire. Il porte ainsi différents projets techniques et environnementaux sur la zone humide du marais Poitevin, ses canaux et ses rivières. Depuis 2011, il mène également des études sur les inondations et la submersion marine puisque son territoire dispose de 68 km de côte. De juillet 2015 à mars 2017, le Syndicat mixte a été présidé par Monsieur Marcel GAUDUCHEAU, conseiller départemental. Depuis le 7 mars 2017, Monsieur Joël BORY est le nouveau président du Syndicat mixte.
La Commission Locale de l’Eau (CLE) est une assemblée décisionnelle chargée de mettre en œuvre le SAGE du LAY. Elle est présidée par Monsieur James GANDRIEAU depuis juin 2015 et qui a été réélu le 8 mars 2017.
